非番の日、滝行ツアーに参加した佐倉路花（戸田恵子）は、偶然にも滝つぼから浮かび上がった修験道者の水死体を発見する。遺体は死後1カ月ほど経過しており、被害者は何者かに絞殺された後、川の上流で遺棄され、下流まで流された末に滝つぼの底の流木に引っかかり、しばらく水中に沈んでいたようだ。現場に駆け付けた糸村聡（上川隆也）は、遺体が背負っていた葛籠の中に鳥の羽が1本だけ入っていたと聞き、その奇妙な遺留品に興味を抱く。まもなく遺体の身元が、修験道者“道慶”こと、青山隆一（林泰文）と判明。神通力があるという青山は1年の半分は単独で山奥にこもって修行し、残り半分は町の本拠地で信者たちの悩み相談や祈祷を行っていたらしい。だが、戸籍を調べたところ、青山隆一という人物は存在しておらず、偽名であることがわかる。いったい、殺された青山は何者なのか…!?そんな中、科捜研研究員・村木繁（甲本雅裕）の調べで、遺留品の羽は40年以上も前の“トンビ”のものだとわかる。トンビの生息域を調べていた糸村は、滝つぼに流れ込む川の上流に“鳶が谷（とびがたに）”という地名を発見。手がかりを求めて、現地へ向かう。ところが鳶が谷は想像以上の山奥で、危うく遭難しかけた糸村は通りかかった民俗学者の杉田義明（えなりかずき）に助けてもらう。この地でフィールドワークを行っている杉田によると、糸村が迷い込んだのは、鳶が谷で唯一残っている“つぐは村”。過疎化、高齢化が進み、あと数年で消滅してしまう“限界集落”なのだという。また、つぐは村には“死が近づくと天狗が山から魂をさらいに来る”という“天狗伝説”が残っており、病床の村長・久保田道明（麿赤兒）も静かに天狗の訪れを待っていた…。糸村はつぐは村で遺留品の聞き込み捜査を進めるが、その⽮先、京都府警のホストコンピューターに何者かが侵⼊。⻘⼭の捜査資料がハッキングされて――!?
遗留搜查2018特别篇同主演影片作品